Biološke metode za određivanje kvaliteta vode uključuju: prikupljanje, prebrojavanje i
identifikaciju akvatičnih organizama; određivanje biomase; određivanje metaboličke
aktivnosti; određivanje toksičnosti; biokoncentraciju i bioakumulaciju polutanata.
U zavisnosti od prirode problema koji se ispituju (određivanje kvaliteta površinskih ili
podzemnih voda, voda za vodosnabdevanje, u procesu tretmana, u distributivnoj
mreži...) zavisi koje akvatične zajednice će biti ispitivane i koje tehnike će biti primenjene
pri tim ispitivanjima:
•plankton,
•perifiton,
•makrofiton,
•fauna dna,
•ribe, vodozemci, vodeni reptili, ptice i sisari.